داستان کتاب " دختری در اتاق طبقه سوم" در مورد دختری به نام جولز است که به همراه خانواده‌اش به یک خانه قدیمی نقل مکان می‌کنند. جولز در اتاق طبقه سوم این خانه با روح دختری آشنا می‌شود که سال‌ها پیش در آن خانه زندگی می‌کرده است.
پدر جولز متخصص مرمت خانه‌های تاریخی و مادرش نیز نویسنده‌ی داستان‌های معمایی است. جولز و مادرش به خاطر شغل پدر، مدام در حال مسافرت هستند. این بار هم وارد اوک‌هیل می‌شوند تا خانه‌ی قدیمی سه‌طبقه‌ای را بازسازی کنند؛ غافل از اینکه اتاق طبقه‌ی سوم این خانه، مخفیگاه دخترکی است که سال‌ها پیش در آن زندانی شده است.جولز تصمیم می‌گیرد که با روح غمگین و سرگردان دخترک ارتباط برقرار کرده و به سرگذشت او پی ببرد.
مری داونینگ هان در کتاب دختری در اتاق طبقه‌ی سوم، داستان رویارویی و تقابل دو کودک را به تصویر می‌کشد که یکی متعلق به گذشته است و دیگری در زمان کنونی زندگی می‌کند. داستان زندگی دخترک به دهه‌ی ۱۸۸۰ برمی‌گردد. به زمانی که در اتاق در‌بسته‌ای در طبقه‌ی سوم خانه‌اش زندانی می‌شود؛ بدون اینکه کسی از وجود او باخبر باشد. برای اینکه سرگذشت دخترک زندانی مشخص شود لازم است سال‌ها بگذرد تا جولز به همراه خانواده‌اش پا به این خانه بگذارد. اینجاست که زمان گذشته با زمان حال گره می‌خورد و دو کودک از دو نسل متفاوت، در رویارویی با هم قرار می‌گیرند.
